Ajax

Vào ngày 19 tháng 10 năm 2002, de Jong có trận ra mắt ở đội I Ajax. Anh nhanh chóng tạo được ấn tượng trở nên được yêu thích bởi các fan. Một cầu thủ đa năng thuận chân phải, anh được sử dụng nhiều ở cả vị trí tiền vệ cũng như hậu vệ nhưng sau đó sự nghiệp của anh gắn liền với băng ghế dự bị hơn là được ra sân ở đội hình chính.

Hamburg

Vào tháng 1 năm 2006, de Jong ký hợp đồng với đội bóng Đức Hamburg SV. Anh tạo ấn tượng ở Bundesliga bằng việc ghi bàn thắng quyết định vào lưới Bayern München trong trận thua đầu tiên của họ ở sân vận động mới của Bayern.

Manchester City

Vào ngày 21 tháng 1 năm 2009, de Jong chuyển tới Manchester City với giá 16 triệu bảng Anh và được đeo áo số 34. Anh có trận ra mắt trong trận gặp Newcastle United vào ngày 28 tháng 1 năm 2009 rồi sau đó chứng tỏ rằng anh là tiền vệ trụ số 1 của đội. De Jong có 16 lần ra sân ở mùa giải đó, một con số lớn đội với cầu thủ chỉ có nửa mùa giải ở đây.

Mùa giải 2009-10

De Jong bắt đầu mùa giải 2009-10 trên ghế dự bị trong 3 trận đầu tiên, tuy nhiên anh được ra sân từ đầu trong trận gặp Arsenal F.C. vào ngày 12 tháng 9 năm 2009 trong chiến thắng 4-2 trên sân nhà và từ đó giữ được vị trí trong đội hình, gây ấn tượng với màn trình diễn đầy mạnh mẽ cùng Gareth Barry. Vào ngày 5 tháng 12 năm 2009, trong trận thắng 2-1 trước Chelsea F.C., Nigel được bầu là Cầu thủ xuất sắc nhất trận. Với phong độ tốt, de Jong tin rằng đội bóng không chỉ chiến đấu cho suất dự cúp C1 mà còn có thể chiến đấu cho ngôi vị vô địch Premier League.